Kollageeni on amfolyytti, joka riippuu kahdesta tekijästä. Ensinnäkin kollageenilla on monia happamia tai emäksisiä sivuryhmiä peptidiketjua kohden; toiseksi jokaisessa peptidiketjussa on -karboksyyli- ja - aminoryhmät voivat vastaanottaa tai luovuttaa protoneja, ja ne voivat dissosioitua tietyllä pH-alueella positiivisten tai negatiivisten varausten muodostamiseksi. Toisin sanoen väliaineen pH:n myötä erilaiset kollageenit varautuvat positiivisesti. tai negatiivisesti varautuneita ioneja. Kollageenipeptidiketjujen sivuryhmien pKa-arvot poikkeavat hieman ainesosien aminohappojen sivuryhmien pKa-arvoista, jotka johtuvat proteiinimolekyylin viereisten varausten vaikutuksesta. Isoelektrinen piste on 7,5-7,8, mikä on emäksistä, koska kollageenin peptidiketjussa on enemmän emäksisiä aminohappoja kuin happamia aminohappoja. Koska se on polymeeri, sillä on kolloidisia ominaisuuksia ja tietty viskositeetti vesiliuoksessa. Viskositeetti on alhaisin isoelektrisessä pisteessä, ja mitä alhaisempi lämpötila, sitä suurempi viskositeetti.
